使用crest探索氨基酸构象 - Exploring Amino Acid Conformations with Crest
氨基酸的可能的构象对于研究蛋白质的结构和功能至关重要。可以使用crest来对氨基酸的可能的构象进行探索。
The possible conformations of amino acids are crucial for studying protein structure and function. Crest can be used to explore these conformations.
首先,下载20种L-氨基酸的xyz文件。我使用的是IQmol的xyz文件。将其打包在同一个文件夹下。
First, download the XYZ files for the 20 standard L-amino acids. Here, I used the IQmol XYZ files. Place them all in a single folder.
使用crest探索氨基酸的构象非常简单。只需以下命令即可:
Using crest to explore amino acid conformations is straightforward. Just use the following command:
crest L-Aspartic_acid.xyz --gfn2 -T 4 --ewin 3
这其中,--gfn2表示使用GFN2-xTB方法(一种半经验方法),-T 4表示使用4个线程,--ewin 3表示设定能量窗口为3 kcal/mol。
Here, --gfn2 specifies the GFN2-xTB method (a semi-empirical approach), -T 4 sets the number of threads to 4, and --ewin 3 sets the energy window to 3 kcal/mol.
以上为在真空中的构象搜索。如果需要在水溶液中搜索,可以使用以下命令:
The above command performs conformational search in vacuum. If you want to search in aqueous solution, use the following command:
crest L-Aspartic_acid.xyz --gfn2 --gbsa -T 4 --ewin 3
其中,--gbsa表示使用GBSA溶剂模型。
Here, --gbsa specifies the GBSA solvent model.
crest会将搜索到的所有构象保存在crest_conformers.xyz中,每一帧代表一个构象。
Crest saves all the conformations found in
crest_conformers.xyz
, with each frame representing a
conformation.
有关crest的更多信息可以参考crest的官方文档
For more information about crest, refer to the official documentation